Staré změny

21 Jun 12:34 pm


Original: http://warnercnr.colostate.edu/~gwhite/mark/OldChanges.htm

Duben, 1998

1.. Tvorba PIM graf interaktivní, takže si můžete upravit PIM přetažením bloky parametrů, nebo kliknutím pravým tlačítkem na blok a změnit PIM. Tato funkce je pro rychlou editaci, a také umožňuje editaci velkých PIM, aniž by skutečně otevření okna PIM a všech textových polí.

2.. Konstrukce matice nyní umožňuje vložit do bloku hodnot obsažených ve schránce. Buď použijte Ctrl + V příkazu, jinak vyberte Vložit schránky příkaz.

3.. Robustní konstrukce modelu má nyní nasycený modelu vypočítanou hodnotu, i když si nejsem zcela jist jeho správné. Nicméně, aniž by se nasyceným modelové hodnoty, byla odchylka vypočítána jako nula, aby se testy poměr pravděpodobnosti nebylo možné. Ukázalo se, že některé datové soubory stále mají nulovou odchylku, což znamená, že nasycené modelu deviace není správné. AIC hodnoty jsou v pořádku, jen deviace je špatná.

4. Barker model byl zkontrolován, a zdá se, pracovat správně. Všimněte si, že model byl znovu parametrizovat ve srovnání s předchozími verzemi. Naleznete v souboru nápovědy pro podrobnosti.

Květen, 1998

5. Protože konstrukce identity matice je výchozí, udělal jsem program “chytřejší”, takže skutečná matice nemusí být předány mezi rozhraní a numerické analýzy programu, a nejsou uloženy ve výstupu. Místo toho, základní dílo “identita” je přidán k příkazu matice návrhu. Ne Konstrukce matice je vytištěno na výstupu. Ještě důležitější je, ne konstrukce matice se objeví na obrazovce při načtení modelu, který měl “identity” klíčové slovo na základě prohlášení matice návrhu.

6. Jsem upravil výpočet prahové hodnoty pro ohlašování parametr není odhadnutelný. Starý prahová hodnota byla 0.3E-6. Nová hodnota se liší v závislosti na rozměru variance-kovarianční matice. Proto mohou být některé modely dát jiný počet odhadovaných parametrů, než dříve. Pokud najdete chybu, dejte mi vědět, abych mohl pokračovat v upřesňování tohoto procesu.

Června 1998

7. Sedm nových modelů byly přidány do seznamu datových typů:

Huggins (1991), metody, kde je uzavřený zachytí pravděpodobnost podmíněno pouze zachycených zvířat byl přidán. Tento model umožňuje jednotlivým proměnnými, které mají být použity pro odhad počáteční (p), a znovu získat (c) pravděpodobnost uzavřeného zachycení modelu. Odhady velikosti populace (N) vznikají jako odvozené parametry, protože N není ve skutečnosti vyskytují v pravděpodobnosti s modelem Hugginsem “, jak to dělá v uzavřených zachycuje modelů programu CAPTURE. Odhady jsou asymptoticky ekvivalentní N odhadů N z uzavřených zachycuje modelů programu Capture, ale nejsou tak účinné, protože některé informace ztraceny předurčením pravděpodobnosti.

Huggins (1991) Metoda byla také přidána k robustní konstrukci modelu, takže lze jednotlivé proměnnými také použít se všemi paramters.

Jolly-Seber model byl přidán. První parametrizace je z Ken Burnham, a použije první velikost populace N1 a rychlost změny populace, lambda1 přes lambda (k-1) pro setkání po příležitostech k. Tento model nekonverguje snadno, takže doporučuji použít jeden z Jolly-Seber modelů popsaných níže.

Pradel (1996) model, který odhaduje seniority ze setkání historie byl přidán.

Pradel (1996) model, který odhaduje, jak seniority a pravděpodobné přežití ze setkání historie byl přidán. Tento model je další parametrizace Jolly-Seber model.

Pradel (1996) model, který odhaduje zjevnou přežití a rychlost změny populace (lambda) byla přidána. Opět platí, že tento model je další parametrizace Jolly-Seber model.

Pradel (1996) model byl reparameterized zahrnovat apparent přežití a plodnost (počet nových jedinců v populaci v čase i 1 za individuální v čase i). Opět platí, že tento model je další parametrizace Jolly-Seber model.

8.. Server Grafika grafický balíček byl přidán jako balíček výchozí grafické karty. Důvodem pro tento druhý grafický balíček je poskytnout lepší grafiku, když byly zobrazeny dvě sady parametrů. Oba balíčky jsou k dispozici prostřednictvím na základě výsledků okně prohlížeče s výstupním | Zvláštní výstup modelu | Interaktivní grafika a produkce | Specifické Model výstupu | interaktivních možností Graphics GS nabídky.

Květen, 1999

9.. Rozptyl součásti kód byl změněn, aby plně využili přesnost odhadů pro rozptyl, kovarianční matice. Budete muset přepočítat odhadů parametrů stávajících modelů používat nový kód.

10.. Starší grafika balíček byl odstraněn. Tato změna snížit velikost souborů programu distribuce.

11.. Možnost znovu vypočítat všechny modely do databáze výsledků byla připojena k spuštění menu Výsledky prohlížeče.

Června 1999

12.. PIM matice je nyní možné zkopírovat do schránky, a naopak do schránky lze vložit do PIM. Tato funkce také znamená, že můžete vytvořit PIM v tabulce a vložte hodnoty do okna PIM (nebo také na grafu PIM).

13. “Každý jsme jiný Matrix” možnost byla přidána do PIM menu, které vám umožní vytvořit PIM s každou jinou hodnotu.

14.. Kompletní výběr z menu se změní, když budete žádat o design Matrix. Nyní, Plný výběr z menu vytváří designovou matici s úsekem, skupinové efekty (v případě potřeby), časové efekty a skupiny * časové efekty (v případě potřeby). Omezení plném provedení je to, že musí mít PIM počet parametrů, rovnající se plné g * t modelu. Nicméně, můžete vytvořit věkovou strukturu přes PIM a přitom stále používat plné nabídce volbu, pokud počet parametrů se rovná plné g * t modelu. Sloupce matice návrhu jsou původně označeny, i když tyto značky zmizí, pokud budete manipulovat matice, např. přidat nebo odstranit sloupce. Přemýšlím o tom, jak udržet štítky kolem.

Stará verze funkce Plné volby, byl nyní přejmenován být Identity výběr z menu.

15. Seznam předdefinovaných modelů byla nyní rozšířena o jak PIM a matice návrhu kódování standardních modelů. Kromě toho, Design Matrix číselník zahrnuje G+ t modely. Všechny modely matice návrhu jsou konstruovány na základě úplné g * Nastavení t PIM. Proto stále nelze použít předdefinovaných modelů pro opce na výstavbu věku strukturované modely.

16.. Výběr z menu byla přidána do výstupního nabídky na seznam m (ij) pole živých a mrtvých opětovných odlovů výnosy z matrice setkání historie v okně Poznámkový blok. Tato volba je vhodná pro identifikaci anomálií v datech. V minulosti mohli spustit pouze ZPRÁVA pro CJS modelu ke hledání anomálií.

17. Rozptyl komponenty výstupy jsou dále rozvíjeny, s dalšími možnostmi stanovených políček pro výstup jiné než hlavní číselné výstupu a graf odhadů.

18.. Problémem je středníkem v souboru střetnutí mezi historií komentář oddělovače, např.

/ * Věci, věci * /,

byla opravena.

19. Problém jednání s jednotlivými kovariance normalizační metody byl odkryt. Zadáte-li model s běžným společným úsekem, ale dva nebo více sjezdovek pro jednotlivé proměnnou, např.

1. hmotnost 0

1 0 hmotnost

a určete standardizovat jednotlivé kovariance, dostanete jinou hodnotu než deviace z modelu běží s unstandardized jednotlivých proměnných. Toto chování je skutečnost, že centrování vliv normalizace metody ovlivňuje průsečíku různě v závislosti na hodnotě parametru svahu. Účinek je způsoben nelinearity funkce logitového odkaz. Získáte stejný účinek, pokud standardizovat proměnných v logistické regrese a spustit se společným zachytit. Výsledkem je, že odhady nejsou měřítko nezávislé, ale závisí na tom, kolik centrování se provádí odečtením střední hodnoty.

20. Myslím, že jsem se zbavit problému, který způsobil, že zpráva “jedinečné ID> 8000. Řekněte Gary”. Pokud se zobrazí tato zpráva s novou verzí, dejte mi vědět.

Červenec, 1999

21.. Schopnost otevřít jednu z posledních 4 souborů, dříve používaných byl přidán do nabídky Soubor.

22. Reálné odhady parametrů jsou nyní označeny jako “odhaduje” místo “S (I)” na výstupu.

23. Byla přidána možnost nastavit jako výchozí říct, když je načtena model. S File | Preferences výběr z menu, můžete tuto volbu změnit zpět na nedělá budete reagovat na tuto zprávu.

24.. Možnost seznam Akaike závaží na výsledky prohlížeč má nyní k výchozí. Můžete tuto možnost vypnout pomocí Soubor | Možnosti výběr z menu.

Prosince 1999

25. Problém se ztrátami na zachycení v odhadu p a C robustní konstrukce a Hugginsem robustní konstrukce modelů byla opravena. Dříve, S, byly gamma”, a gama “odhaduje správně se ztrátami na snímání, ale ne p a c, a tím i N.

26. Možnosti vývozu odhadů parametrů (jak beta a reálné) a SE a intervaly spolehlivosti na Excel nebo schránky byly přidány.

27. Možnosti vývozu variance-kovarianční matice se soubory dBase nebo schránky byly přidány. Tyto změny se přinutil k reorganizaci menu voleb do produkce | Zvláštní výstup modelu udržet nabídku od stávat se příliš těžkopádný. Také model průměrování variance-kovarianční matice nyní exportovány do souboru dBASE.

28. Rozsáhlé testování Jolly-Seber modelu ukazuje, že to funguje správně, ale je jen obtížné dosáhnout konvergence se pro řídké údaje. Se simulací a velké velikosti vzorků, funguje to v pohodě.

29. Více práce byla dělána na simulaci řízení. Nicméně jsem ještě nebyly odstraněny poklepání past, aby lidi se slabým srdcem ze simulačních postupů. Teď věří, že všechny modely jsou simulovány správně kromě robustní konstrukce, Huggins robustní konstrukce a Pradel model s náborem, ale žádný přežití. V současné době, nesmíte simulovat tyto modely. Všechno ostatní by mělo fungovat správně, včetně Jolly-Seber model. Problém s simulace Robustní konstrukce modelů je, jak určit poulation velikost tak, aby nebyla nižší než to, co je v souladu s S, gama” a gama “parametry za předchozí intervalu a před N. Tento problém se týká stanovení vstupní rozhraní, a to aktuální číselné simulace postup.

Března 2000 (aktualizováno na verzi 1.7)

30.. “Robustní konstrukce” Rozšíření modelu Barker je nyní součástí MARK.

31. VPA – Virtuální populace model – je nyní součástí.

32.. Schopnost předložit simulace programu UVOLNĚNÍ je zahrnuta v simulaci menu.

33.. Schopnost předložit simulace programu Capture je součástí simulace menu.

34.. Konstrukce matice nyní zobrazuje různé barvy pro buňky s nulovou, jedním, a další hodnoty. Tato funkce se hodí pro nanášení vzoru v komplexních matricích. Můžete změnit barvy zobrazené pomocí Soubor | Možnosti výběr z menu.

35.. Schopnost používat více než jeden typ dat v rámci stejné výsledky prohlížeče okna byla provedena. Například nyní můžete spouštět obě mrtvé zpětných {S, r} modelů a Brownie et al. {S, F} modelů, a byly získané výsledky se zobrazí ve stejném okně prohlížeče výsledky. Chcete-li změnit typ dat pro modely, vyberte PIM | Změnit typ dat volbu nabídky z výsledků okně prohlížeče. Tato výhoda také zavádí některé problémy, například modelu průměrování (ne všechny modely mají stejné PIM), tak, že se model v průměru pouze postupu projednávání ve průměry přes modely se stejným datovým typem. Dalším příkladem, kde se vyskytnou problémy, je, když pravděpodobností se velmi liší mezi datovými typy, např. uzavřenými zachycuje modely a Huggins “modelů. AIC hodnoty nejsou na stejné úrovni těchto různých datových typů. Nicméně, tato funkce je velmi užitečná porovnat dvě sady odhadů ze stejné výsledky Brower okna. S touto změnou, jsem aktualizoval číslo verze MARK na 1,7.

36.. Možnost použití multi-threading byl přidán Soubor | Možnosti výběr z menu. Tato volba vám umožňuje stavět nový model, zatímco numerické odhad běží pro předchozí model v pozadí.

37.. Byla přidána možnost Spustit okna, která určuje použití středních hodnot jednotlivých proměnných pro výpočet reálné odhady parametrů vykázané ve výstupu. Všimněte si, že pokud jednotlivé nezávislé proměnné jsou standardizovány, průměrná hodnota pro standardizované kovariance je nulová.

Června 2000 (aktualizováno na verzi 1.8)

38.. “Robustní konstrukce” Rozšíření modelu Barker byl upraven, aby obsahoval trvalé emigraci (F) parametr, a zápis pro dočasné emigrace parametry byl změněn na gama” (staré F) a gama “(starý F”) na být v souladu s Lindberg et al. (V tisku).

39.. Vyzývá k programům odhadem a Brownie byly přidány volby menu Test ve výsledcích okně prohlížeče. Tyto programy jsou užitečné při posuzování dobro-of-fit pro mrtvé obnovy dat.

40. Schopnost “Obnovit” model, který byl odstraněn z výsledků okně prohlížeče byl přidán. Tato volba nabídky je k dispozici pod Delete menu Výsledky okně prohlížeče. Jste Zobrazí se seznam všech modelů Smazali jste během tohoto výkonu ochranné známky, a mohou vybrat modely, které chcete k obnovení. Nicméně, jakmile se skončí MARK, odstraněné modely trvale zmizí.

41.. “Částečné Zero” výběr z menu byla přidána do okna návrhu Matrix umožnit uživateli, aby “čistý” nebo nula z části sloupce. Tato možnost je užitečná při kopírování sloupec a pouze chcete zachovat část hodnot ve sloupci.

42.. Rozptyl komponenty výstup byl upraven, aby obsahoval naivní odhadce procesu rozptylu. Navíc jsou odhad rozptylu procesu a související intervaly spolehlivosti nyní hlášeny záporných hodnot, je-li to nezbytné. Je však odhad odchylky procesu standardního hlášeny jako nula pro negativní proces rozptylu (a podobně i pro dolní mez spolehlivosti).

43.. Nový sloupec byl přidán do výsledků prohlížeče – Model Nebezpečí. Hodnoty v tomto sloupci jsou Akaike hmotnost modelu v řadě dělená Akaike hmotnost minimální, AICC modelu. Tato hodnota je model pravděpodobnost, síla důkazů pro daný model. Nejlepší model má hodnotu 1, u všech ostatních modelů <1.

44.. Variance Components Modul má nyní políčka spustit náhodné vlivy model, který odpovídá analýze rozptylu součástek jste požádali. Konkrétně je možné náhodné vlivy model považovat za meziprodukt v řadě parametrů, mezi časově konkrétní model (t) a tečka (.) Model, kdy všechny hodnoty jsou stejné. Přístup vypracovaný Ken Burnham je stanovit hodnoty parametrů, které byly použity pro odhad rozptylu procesu jejich S-vlnovka hodnoty z analýzy rozptylu součástek. Počet parametrů, které v současné době představuje tento soubor se odhadne z stopě matice G. Přidání stopy (G), k počtu odhadovaných parametrů z numerické analýzy běhu s pevnými hodnotami z S-vlnovku udává počet odhadovaných parametrů pro náhodné efekty modelu. Vzhledem k tomu, trace (G), není celé číslo, počet parametrů pro náhodné vlivy modelu se jeví jako non-celé číslo. Přizpůsobit se těmto ne-celá čísla, budou stávající výsledky Soubory se automaticky aktualizuje poprvé se k nim přistupuje. Měla by se zobrazit zpráva informující tak. Chcete-li být v bezpečí, můžete zálohovat vaše značka soubory před jejich otevřením s touto novou verzí.

45. Ačkoli barvy pozadí používané v matice návrhu reprezentovat vzorek matrice jsou velmi užitečné, zvláště zpočátku, cena je hodně času sledováním designu matric jsou vytvořeny na obrazovce. Proto jsem dal možnost v souboru | Předvolby dialog vypnout barvy v designu matric, pokud budete chtít, což rozhodně zvyšuje rychlost pro velké matice.

46.. Opravil jsem chybu s pravděpodobností přežití studii (Kaplan-Meier odhad) pro známého typu Fate dat při časové intervaly byly nerovné. Předchozí verze převzal všechny časové intervaly se rovná 1. Nyní je délka časového intervalu používá pro výpočet produkt přežily a jejich standardní chyby a intervaly spolehlivosti.

47.. Štítky pro skutečné odhadů parametrů, jsou nyní dostupné ve výstupu. Etikety na reálných odhadů parametrů jsou převzaty z "parmskou" sloupec, který je přidán do matice návrhu – dává určitou představu o tom, co typ parametru je pro každý odhad. Mějte však na paměti, že některé typy parametrů lze nastavit na ostatní, např. počáteční zachycení pravděpodobnost (p) a zachytit pravděpodobnost (c) v uzavřených snímání modelů. Proto dávejte pozor, aby se klamat. Nemusíte konstrukční matici získat tyto štítky – proces je automatický. Etikety jsou generovány z typu parametru pro první výskyt indexu parametrů v PIM. Chcete-li získat tyto štítky pro stávající modelové výstup, musíte znovu spustit model, tj. z výsledků prohlížeče, spusťte znovu příkaz Spustit | Modely volby nabídky. Skutečné štítky parametrů odhad je omezena na 20 znaků.

48.. Štítky pro beta odhadů parametrů a sloupců matice návrhu jsou nyní k dispozici. Když se v matice návrhu, pokud klepnete pravým tlačítkem myši na matrice, výběr z menu "Label" umožňuje zadat 20 znaků informací zahrnout do záhlaví sloupce sloupce s zvýrazněné buňky. Pokud začnete s Design | Kompletní výběr z menu, budou se záhlaví matice návrhu budou automaticky označeny. Stejně tak, že předem definované modely matice návrhu také sloupce automaticky přiřazeny. Při spuštění modelu, je tato informace předána číselné odhadu procesu a tyto popisky se objeví vedle beta odhadů parametrů. Když jsou vyvolány modely, také konstrukční záhlaví sloupců matice jsou převzaty z výstupu.

49.. Sloupce matice návrhu lze přesunout přetažením záhlaví sloupce do nového umístění. Nové uspořádání lze zachovat klepnutím pravým tlačítkem myši na matice návrhu a volbou "Nové uspořádání sloupců" z pop-up menu. V podstatě změny pořadí sloupců je ekvivalentní k přečíslování beta parametry.

Srpna 2000

50. Chyba představen v červnu o analýze reálných odhadů parametrů z výstupního souboru při odvozené odhady parametrů byly přítomny byla opravena. Tato chyba byla zjištěna z důvodu nesprávné výstupu v modelu v průměru postup, kdy získané odhady parametrů byly přítomny.

Září 2000

51.. Počítač čas potřebný pro zpracování jednotlivých kovariát byl dramaticky snížen, alespoň 10 krát.

52.. Chyba odhadu rozptylu naivní komponent bylo opraveno – dříve, by dva po sobě jdoucí běhy modulu rozptylu součástek poskytovat nesprávné odhady naivního odhadu pro druhého a dalších běhů.

Ledna 2001

53.. Rozptyl komponenty odhad byl upraven tak, aby odhady ukazují, sigma ^ 2 0 byly upraveny tak, aby zahrnoval kvazi-věrohodnostní parametr. Podobně, je odchylka se zobrazí v prohlížeči výsledků se koriguje C.

55.. Konstrukce matice okno má nyní možnost nastavit velikost písma, takže mohou být velké matice je miniaturní a barvy slouží k určení, zda je vzorek správně.

56. Odvozené parametry jsou nyní řešeny odděleně od reálných odhadů parametrů. Nakonec, odvozené parametry plně podporované třetí parametr typu, a vy budete moci na grafu, a provést rozptyl komponenty.

Května 2001 (aktualizováno na verzi 2.0 – Větší Prairie Kuřecí foto)

57.. Dva další datové typy pro uzavřené zachycuje byly přidány. Dvě heterogenity modely pro uzavřené zachycuje byly vytvořeny na základě směsi distribucí. Jednoduchá verze tohoto modelu má pouze konstantní pravděpodobnost zachycení pro všechny příležitosti a opětovných odlovů. Úplný heterogenita model má sadu p a c parametrů pro každou směs. Setkat historie pro tyto 2 modely jsou stejné jako u uzavřeného zachytí datového typu. Tyto modely vyžaduje poměrně zásadní změnu ve struktuře PIM, aby pro velké obdélníkové PIM.

58.. Model pro odhad přežití hnízda byla přidána. Tento model se liší od známého typu, údaje o osudu, protože přesný čas selhání hnízda není známa. Vstup pro data hnízda přežití může být ve formě hnízdo typu dat o přežití, kde je zapsán čas nejprve najít hnízdo, vedle posledního hnízda byla dodržena, a v poslední době hnízdo bylo pozorováno, následuje osud z hnízda (0 = úspěšný, 1 = neúspěšný). Jednotlivé nezávislé proměnné mohou být také použity. Další podrobnosti o struktuře tohoto modelu a konfliktní historie souboru lze nalézt v souboru nápovědy.

59.. Chyba, která způsobila nesprávné standardní chyby pro odvozených odhadů parametru N byla stanovena v Huggins robustní konstrukci modelu.

60. Některé opravdu velké problémy (např. velmi velké PIM nebo velký počet PIM) nebude správně pracovat se stávajícím parametrů modelu průměrování výběr rozhraní. Proto jsem přidal další rozhraní, které bude fungovat. Pro použití této nové rozhraní, klikněte na tlačítko “Použít non-interaktivní model průměrování specifikace parametru okno” Výběr z nabídky File | Preferences výběr z menu. S tímto rozhraním, budete muset vybrat PIM a potom zadejte parametr v rámci PIM do modelu průměrem. Ne jako vizuální, ale účinnější pro velké problémy.

Červen 2001

61.. Chyba ve výpočtu rozptylu odvozených parametrů odhadu N-hat pro daný typ Huggins dat byla opravena. Standardní chyby N-hat z modelů Hugginsem nyní odpovídají úzce standardních chyb z uzavřených typů zachytává data.

62.. Měřítko gama” a gama “pro délku intervalu byla odstraněna. Tyto parametry je třeba pohlížet jako pravděpodobnost, že budou k dispozici pro zachycení podmíněno jejich předchozího stavu, a proto nejsou funkcí délky časového intervalu.

63.. Při nastavování novou analýzu, můžete nyní vložit v délkách časovém intervalu od schránky. Proto, pokud máte komplikované sadu časových intervalech, zadejte je do tabulky a vložit hodnoty do MARK.

64.. “Uložit jako” schopnost byla přidána k volbě menu Soubor uložit kopii aktuálního souboru výsledků.

65. Dialog pro výběr souboru “předdefinovaných modelů” byl přepsán tak, aby uživatel vybrat modely pro každý parametr, spíše než vybírat ze seznamu všech možných modelů. Tato změna umožňuje předdefinovaných modelů pro datové typy, které by dříve generují příliš dlouho možných modelů, umožňuje snadněji vybrat jen modely potřeby a ztěžuje “Vybrat vše” modely. Jinými slovy, spíše než bezostyšně dat bagrování s několika kliknutí myší, budete nyní muset pracovat na to!

66.. Schopnost shrnout odvozené z parametrů simulací byla přidána.

67. Několik chyb, které způsobily nesprávné odhady hnízdní druh přežití dat byly stanoveny.

Červenec, 2001

68. Hnízdo úspěch typ dat byl dále upraven na výrobu upozornění, když jsou neplatná data zadaná na hnízdě záznam. Soubor nápovědy pod hnízdem přežití “téma, byla aktualizována prezentovat příklady těchto neplatných případů.

Září 2001

69.. Multi-vrstvy model s živými a mrtvými setkání nyní pracuje správně, po další chyba byla stanovena na 03.9.2001. Soubor nápovědy byl také aktualizován popsat tento model.

Listopad 2001

70. Obsazenost odhad model MacKenzie et al. (2002) byla provedena. Soubor nápovědy byl také aktualizován popsat tento model.

Ledna 2002

71. Drobné opravy na několik chyb, které se objevily, včetně přeruší, když jsou vybrány žádné předem vybraných modelů, nesprávné označení na beta označování okna, a specifikace výchozí předvolby, pokud je program nainstalován.

Březen, 2002

72. Run Window byl upraven tak, aby umožnil uživateli zadat hodnoty jednotlivých proměnných, které mají být použity při výpočtu reálné odhady parametrů. S těmito změnami, 3 možnosti jsou k dispozici pro určení hodnoty jednotlivých proměnných: Hodnoty z prvního setkání historie v souboru konfliktní historie, střední hodnoty a hodnoty uživatel specifikuje.

73. Vložit tlačítka byly přidány do obrazovek simulace vstup pro beta odhadů parametrů a počtu zpráv, a počáteční vstupní obrazovky pro skupinové, individuální etikety kovariance jména a vrstvy, názvy a popisky. Nyní může uživatel vytvořit řadu vstupních hodnot pro některý z těchto obrazovek v tabulce, a potom vložit hodnoty do MARK.

74. Run Window byl upraven tak, aby umožnil uživateli zadat různé funkce, odkaz na parametry modelu. Nicméně, tento postup je složité, a může vést k numerické problémy, pokud není provedena inteligentně. Výchozí počáteční hodnoty parametrů jsou obtížné nastavit tak, numerická konvergence se stává větším problémem. Uživatel bude muset převzít větší odpovědnost za určení počátečních hodnot parametrů v případě více odkazů se používají funkce v jednom modelu.

Září 2002 – verze 3.0

75. Robustní design obsazenost odhad model MacKenzie et al. (Předloženy) byla implementována.

76. Aktualizováno Graphics Server grafika balíček nahradil starší verzi. Rozhraní k balíčku nyní obsahuje grafické legendy pro každou sadu parametrů zákresu.

77. Některé drobné chyby s označením sloupců matice návrhu, které PIM Graf mimo horní části obrazovky, a některé další malé obtíže, které bylo poukázáno bylo opraveno.

78. Schopnost vytvořit podmínky interakce mezi jednotlivými nezávislými proměnnými byl realizován s produktem funkci v matice návrhu. Kromě toho se také přidat funkce byla provedena. Podívejte se na revidovaný soubor nápovědy pro podrobnosti o tom, jak tyto funkce pracují v rámci matice návrhu.

79. Pearsonův chí-kvadrát statistika se počítá stále v plném výkonu, a mohou být uloženy v simulaci a zaváděcí soubory. Pearsonův chí-kvadrát statistika je někdy lepší choval než deviace statistiky, a může poskytnout zlepšení odhadu po-disperzní parametr, c.

Listopad 2002 – verze 3.1

80. Položka v menu matice návrhu nyní umožňuje vidět seznam jednotlivých proměnných jsou k dispozici pro aktuální soubor dat a vložit jeden nebo více z těchto jednotlivých kovariance jmen v současném zvýrazněné buňky v matice návrhu.

81. Přidána možnost načíst jeden nebo více sloupců z předchozího modelu matice návrhu a vložte je do současné projekční matice. Všimněte si, že počet řádků matice návrhu musí být stejné pro obě konstrukční matice.

Prosinec, 2002

82. Byla přidána možnost Spustit okna, aby odhad pravděpodobnosti profilu intervalů spolehlivosti pro skutečné parametry. Nicméně, může způsobit problémy numerické odhady se mýlil, tak použijte tuto volbu opatrně. Soubor nápovědy popisuje postup, a uvádí příklad nesprávného profilu intervalů pravděpodobnosti spolehlivosti.

Březen, 2003

83. Multinomial logit (MLogit) a kumulativní logit (CLogit) odkaz funkce byly přidány jako možnosti v rámci Parm. specifická pro propojení funkce okno Spustit. MLogit odkaz je zvláště užitečné pro multi-vrstev modelu, omezit přechody z vrstev sečíst až <= 1. Další aplikací je pravděpodobnost vstupu parametru modelu Popan (viz níže). Viz revidované odkaz funkce v souboru nápovědy psát-up pro detaily.

84. Model Popan byl revidován, a nyní pracuje správně skutečných hodnot parametrů. To je Jolly-Seber model z Schwarzem a Arnason (1996), kde je nábor pro obyvatelstvo modelována jako pravděpodobnost vstupu (zavřený v ochranné známce, beta v původním článku) ze super populace.

85. Problémy s konvergencí robustní konstrukce modelu obsazení byly opraveny, plus 2 další parametrizace tohoto modelu byly přidány. Najdete v souboru nápovědy pro podrobnosti.

86. Další parametrizace Jolly-Seber model vyvinutý Link a Barker (předložen Biometrika) byl přidán. Chcete-li použít tuto parametrizaci, začněte s jedním z ostatních Jolly-Seber datových typů (např. Burnama Jolly-Seber datový typ, jeden ze 3 typů dat PRADEL nebo Popan typ dat), a používat PIM | Změnit typ dat nabídku Volba získat Link-Barker parametrizaci. Podrobnosti jsou uvedeny v nápovědě.

Červen 2003

87. Opravena chyba v Hugginsem uzavřené zachytit heterogenita modely tak, aby N správně odhadnout.

Srpen 2003 – verze 3.2

88. Existuje 6 různých typů dat pro odhad na základě uzavřených zachycení modely: MT (p a c) Mh (pi a p) a full Mh (pi, p, a c) pro každý z těchto datových typů jsou k dispozici s velikostí populace ( N) v pravděpodobnosti, nebo verze Huggins, kde je pravděpodobnost neobsahuje N. Teď, když je vybrán Uzavřený Zachytí datový typ, dostanete na výběr, který z těchto modelů snímání pravděpodobností používat pro své původní model. Nicméně, můžete si vybrat různé datové typy s Změnit typ dat volby, která je k dispozici v nabídce PIM. Všimněte si, že pravděpodobnost pro modely Hugginsem není srovnatelná s nebezpečím pro datové typy, které obsahují N na pravděpodobnosti zajištění, aby AIC výběr modelu bude probíhat pouze v rámci kategorie 2, není mezi nimi.

89. Tytéž 6 uzavřené modely jsou nyní k dispozici pro robustní konstrukce modelu, stejně jako robustní konstrukce verzi modelu Barker. Když vyberete buď robustní konstrukci, nebo Barker robustní konstrukci, budete vyzváni k výběru jednoho z 6 uzavřených modelů. Nicméně, můžete změnit uzavřený model s Změnit typ dat volbou v menu.

90. Robustní konstrukce multi-vrstvy model byl přidán do MARK. Otevřený model Kendall a Bjorkland (2001 Biometrické 57:1113-1122) byl přidán, spolu s uzavřeným verzi, která může pracovat s některou z 6 uzavřených modelů popsaných výše. Vyberete-li uzavřenou robustní konstrukce multi-vrstvách datový typ, budete vyzváni k výběru jednoho z 6 modely, ale můžete změnit mezi nimi s typem dat změnit volbou v menu.

91. Nová verze instalačního programu bylo použito, která způsobila nějaké potíže, ale zdá se, že funguje správně.

Duben, 2004

92. Odvozené parametry z Huggins modelů (velikost populace) je nyní možné použít v modelovém průměrování a rozptylu komponenty. Huggins modely lze použít s uzavřenými sběr dat, robustní, návrhových dat a robustní konstrukce-multi-vrstvách dat. Pro robustní design multi-vrstvách dat, odhad populace generována v každém stratu na každé primární příležitosti. Aby bylo možné odvozené parametry, které mají být použity v modelu průměrování a rozptylu komponenty analýzy, musí být rozdíl-kovarianční matice odvozených parametrů vypočítat, a tak tomu, že matice je k dispozici buď v okně poznámek nebo jiného tabulkového procesoru Excel.

93. Pro všechny multi-vrstvách datových typů, včetně robustní konstrukce-multi-vrstvách modelů je možné pravděpodobnost přechodu (psi) odečtením být vybrána se změnou definice PIM volbou v menu. Dříve, výchozí hodnota psi byla pravděpodobnost setrvání ve vrstvách (např. psi do A). Nyní může uživatel vybrat přechodový pravděpodobnost získat odečtením. Tato změna umožňuje, kterým byla pravděpodobnost setrvání ve vrstvách na nulu, model, který nebylo možné v předchozích verzích MARK. Jeden problém s touto změnou je to, že je třeba dbát na jediný model průměrných hodnot parametrů pro psi PIM, které sdílejí stejnou definici. Více informací o této možnosti naleznete v souboru nápovědy MARK.

94. Nová metoda odhadu overdispersion parametr, C, byl realizován s Median volby v menu Chat. Tento přístup je simulovat data pro rozsah hodnot C a provést logistické regrese k odhadu hodnoty c, pro které je pravděpodobnost získání deviaci c-hat větší než pozorovaná deviace c-Hat 0.5. Více informací o tomto postupu naleznete v souboru nápovědy MARK.

Května 2004 – Verze 4.0 – Žena Lark strnad

95. Četné malé podráždění byly stanoveny v této verzi (i když jsem si jistý, že máte mnoho dalších, které byste chtěli vidět řešit).

96. Schopnost spouštět více více modelů současně byl znovu zaveden do programu, bez ohledu na to, jaký operační systém je používán. Tak, můžete spustit číselné optimalizaci modelu a pak začít připravovat a spusťte optimalizace dalších modelů, zatímco první, kdo nadále provádět.

97. Markov Chain Monte Carlo (MCMC) odhad pro všechny typy dat je nyní implementována především poskytnout větší možnost pro odhad rozptylu součástek. Nicméně, kód je pro tento odhad postup je zaměřen především na modelování beta parametry modelů jsou konstruovány s funkcí logitového odkaz, i když vstupy mohou být poskytovány ubytovat další odkaz funkce pro konkrétní typy dat, jako je například protokol odkaz pro odhady počtu obyvatel ( N). Jeden nebo více hyperdistributions předvádějí jsou tedy obvykle na logitového měřítku. Nicméně, je značně pružnost byla poskytnuta modelování hyperdistributions, včetně matice návrhu o prostředcích a plnou variance-kovarianční matice pro odhad procesu kovariance (vlastně korelace). MCMC odhad se získá kontrolu MCMC políčko v okně Spustit. Typicky odhady parametrů z ML postupu by byly použity jako počáteční hodnoty parametrů MCMC postup s cílem zajistit, aby byl řetěz Markov je spuštěn v přiměřených hodnotách. Výstup je zobrazen v okno Poznámkového bloku, který se skládá ze střední, směrodatná odchylka, režimu a medián zadní distribuce, plus 2,5, 5, 10, 20, 80, 90, 95, a 97,5 kvantilů. Všimněte si, že žádný výstup je uložen v oblasti Výsledky prohlížeče. Kromě toho je binární soubor vzorku od pozdější distribuce za předpokladu, spolu s kódem příkladu SAS v souboru nápovědy pro čtení a shrnutí tohoto vzorku. Úplné informace o MCMC odhadu postupu jsou uvedeny v souboru nápovědy MARK.

Června 2004

98. Bug s parametrem značek v reparameterizations v multi-vrstvách datových typů byla opravena. Tato oprava neopravují modely, které již byly spuštěny a jsou načteny. Spíše se tento model musí být rekonstruována opravit nesprávné označení.

99. MCMC algoritmus byl upraven, aby se velikost kroku pro skákání rozdělení být adaptivní. Po 100 schodech, je procento skoků vyhodnoceny a nová hodnota počítá se pokusit získat 40% z kroků, které slouží jako nový skok.

Červenec, 2004

100. Bug s multi-vrstev modelu s nerovnými časových intervalech byla opravena. Tato chyba byla zavedena během aktualizace dubna 2004, kdy se změny, které umožní uživateli určit, psi získat odečtením nebyl nikdy realizován.

101. Všechny 6 uzavřených zachycuje modely nyní pracuje s mediánem c-hat odhadu, a může být simulována. Všimněte si, že v uzavřených zachycení modelů s N v nebezpečí, je hodnota N specifikována jako skutečné hodnoty, a spojení funkce určené pro skutečné modelu se neberou v úvahu parametry N.

Července 2004 – verze 4.1 – Žena Lark strnad

102. Nový Vizuální objekty kompilátor byl použit k vytvoření rozhraní dne 14. července 2004. Nový kompilátor používá jinou sadu DLL soubory. Proto odinstalovat MARK a potom nainstalovat novou verzi. Staré spustitelné soubory nebude pracovat s novými soubory DLL, a naopak. Tato nová verze se jeví jako stabilní. Jako obvykle, dejte mi prosím vědět na případné chyby na které narazíte.

103. Simulace byla přidána schopnost pro robustní konstrukce modelů. Bohužel, specifikace vstupů pro tyto modely je složité v tom, že ve druhém a následujících základních relací, nemusíte vlastně určit velikost populace, ale počet nových rekrutů. Pro uzavřené populace modely, kde N je v nebezpečí, je nutné zadat velikost počáteční populaci a počtu nových zaměstnanců, jako jsou skutečné hodnoty, bez ohledu na funkce spoje pro zbytek parametrů. Pro Huggins modelů zachycuje uzavřené, samostatné záložce okno požaduje počáteční velikost populace a počet nových rekrutů.

104. AICC hodnoty byly nesprávně vypočteny pro modely s deviace rovné nule, když byla použita nová hodnota c-hat. Tato chyba je nyní opraven, ale neopravují AICC hodnoty ve výsledcích soubory, které již byly ovlivněny tímto problémem. Chcete-li zkontrolovat, zda je AICC hodnota správná, přepočítat modelu odhady a ověřte, že staré a nové hodnoty AICC jsou stejné. Pokud ne, pak budete muset přepočítat odhady pro všechny uvedené modely se dostat zpět do správné AICC hodnoty.

Srpna 2004

105. Schopnost simulovat více Markovovy řetězce byl realizován v MCMC algoritmus odhadu.

106. "Gibbsit" algoritmus pro odhad velikosti vzorků pro Markovových řetězců v MCMC algoritmus odhadu nebyl nikdy realizován.

Prosince 2004

107. Chyba při prohlížení výběr parametru, který má omezovat u modelů multistrata byla opravena.

108. Výchozí hodnota maximálního počtu zobrazena v PIM byla nastavena na 9999. Nicméně, paměťové limity na vašem počítači pravděpodobně bude i nadále omezit velikost MARK modelů.

Únor 2005

107. Chyba s pevnými parametry při simulaci medián c-hat hodnot byla stanovena.

Duben 2005 – verze 4.2 – Žena Lark strnad

108. Modely pro odhad uzavřených populací, kdy je mis-identifikace zvířat vyvinut Paulem Lukács, Colorado State University, které byly přidány do MARK. Tyto modely byly vyvinuty pro použití s ​​označením DNA, v případě, že je "malá" pravděpodobnost genotypu zvířete nesprávně určit, protože nízké množství nebo nekvalitní DNA. Stávající 6 zachycuje uzavřené modely MARK byli všichni rozšířen o parametr alfa (pravděpodobnost, že zvíře bylo správně identifikováno, s 1 – alfa pravděpodobnost, že zvíře bylo nesprávně označena). Jsou zde tedy 12 uzavřené zachycuje modely nyní v MARK. Vzhledem k tomu, velikost populace je již zahrnuta v pravděpodobnosti s mis-identifikačních modelů všech uzavřených zachycuje modely nyní také hlásí odhad populace jako odvozené parametr, aby model, průměrování a rozptyl komponenty mohly být prováděny analýzy mezi těmito různými daty typy. To znamená, model průměrování je vhodný pro uzavřené zachycuje modely s a bez mis-identifikace parametru je vhodné. Nicméně, stejně jako dříve, Huggins modely a modely, které zahrnují velikost populace (N), nebo více technicky, počet zvířat nikdy nesetkala (F0), nemají srovnatelné pravděpodobnost hodnoty, takže by se neměl pokoušet provádět výběr modelu, kdy obě z těchto modelů jsou ve stejné výsledky okně.

109. Těch 6 Robustní konstrukce datové typy byly rozšířena o mis-identifikační parametr, takže jsou nyní 12 různých typů robustní návrhová data.

110. Těch 6 multi-souvrství robustní typy návrhová data byla rozšířena o mis-identifikační parametr, takže jsou nyní 12 různých multi-souvrství robustní konstrukce datové typy. Všimněte si, že Barker robustní konstrukce datové typy nebyly rozšířena o mis-identifikační parametr, protože s největší pravděpodobností místo v těchto modelech, kde se mis-identifikace se bude konat je resightings během intervalu (kódováno jako "2"), a teorie nebyl vypracován zvládnout mis-identifikace s tímto typem setkání.

111. Problém s načtením Muti-Strata modelů, kdy se psi parametry byly předefinovat byla opravena. Předtím, předefinování zpravodajské jednotky parametrů ztracena, když byl získán model tak, aby byl výchozí získání pravděpodobnost zůstat v současném vrstvě odečtením byl vždy případ. Nyní jsou předefinování zachována, pokud je model načtena z výsledků prohlížeči.

112. Problém s načtením modely s designovými matic použitých POWER funkce byla nyní opravena.

Srpen 2005

113. Další odvozen parametr (hrubé narození, B *) byla přidána do 2 stávajících odvozených parametrů (net narození, B, velikost populace, N) pro datový typ Popan. Schopnost dělat modelu průměrování a rozptylu komponenty pro tyto tři odvozených parametrů byl přidán.

114. Odhad odvozených parametrech pro známé osud modelu (pravděpodobnost přežívání celý interval) byl vyčištěn tak, aby model, průměrování a rozptyl komponenty se mohou provádět s tímto odvozených parametrů.

Listopad 2005

115. Změny na MCMC odhadu kódu byly provedeny: 1) pořadí beta parametrů náhodně při každém opakování Markov řetěz, 2)-2log pravděpodobnost je nyní uložena a vykázány ve výstupu, včetně souboru MCMC.BIN, 3) deviace informační kritérium (DIC) je uveden ve výstupu, 4) "tuning" fáze byl zařazen před vypálením fázi upravit standardní odchylku návrhu rozdělení, 5) směrodatná odchylka návrhu rozdělení není déle měnit v iterací, kde hodnoty parametrů jsou vzorkovány, jsou a 5) hodnoty proměnných SAS makro zpracovávají MCMC.BIN soubor tištěných v dolní části MCMC výstupu, a to výstup bloku lze kopírovat a vložit do SAS kód zpracovat MCMC.BIN souboru.

116. Problém se čtením narazíte záznamy Historie souboru delší než 256 znaků byla stanovena. Encounter záznamy historie může být nyní až 2048 znaků.

Prosinec 2005

117. Otevřená robustní design multistrata datový typ byl upraven tak, aby se zobrazí parametr phi jako horní trojúhelníkovou matici. Tato změna znamená, že věk modely mohou být postaveny, tedy modely, které uznávají čas od zvířete poprvé vstoupila na primární relace. Bill Kendall vyvinula tento model založený na původní Kendall a Bjorkland (2001) Papír: Kendall, WL a R. Bjorkland. 2001. Používání otevřených Robustní konstrukce modelů pro odhad dočasné emigrace z zpětného záchytu dat. Biometrie 57 (4): 1113-1122. Bohužel, s touto změnou ve struktuře PIM, můžete již vzpomenout na předchozí modely, aniž by se chyby. Pokud používáte tento typ dat v současné době, pravděpodobně nebudete chtít aktualizovat verzi MARK, dokud nedokončíte aktuální analýzy. Další odvozené parametry budou přidány do tohoto datového typu v blízké budoucnosti poskytnout odhady doby pobytu a velikost populace.

118. Značení chyba byla opravena s modulem rozptylu součástek, kdy byla používána uživatelem definovaný konstrukce matice.

119. Chyba při simulaci modelů s pevnými parametry byla opravena.

Comments are closed