PIRN

23 Aug 3:19 pm


Original: http://www.engr.uconn.edu/~ywu/PIRN.html

An example phylogenetic network

 

Software doprovod na
1.. Yufeng Wu, “Zavřete horní a dolní hranice pro minimální síťovanou sítě více fylogenetických stromů“, ve sbornících z ISMB 2010 Bioinformatika 2010 26 (12): i140-i148, 2010. Zde je preprint tohoto papíru formátu PDF.
2.. Yufeng Wu, “Algoritmus pro konstrukci šetrný hybridizaci sítě s více fylogenetických stromů”, ve sborníku RECOMB 2013. Zde je preprint na tento papír formátu PDF.

PIRN je program pro rekonstrukci nejvíce šetrný fylogenetické sítí, které obsahují sadu daných fylogenetických stromů. Jedním z motivací je, že stromy jsou genové stromy a fylogenetické sítě modelu, co může stát, když je horizontální přenos genů. Příkladem fylogenetických sítě vyrábí PIRN je uvedeno výše, který obsahuje pět stromů vstupní genu (viz dodatek k mé ISMB papíru pro těchto pěti stromů). Hlavní funkce PIRN je výpočet dolní mez na minimální potřebné síťování a také rekonstruovat síť, která je obvykle blíže k optimální.

01.08.2013: v2.0.1: Jedná se o nový kód verze. Hlavní novinkou je schopnost konstrukce přesný nejvíce šetrný hybridizace sítě pro více zakořeněné binární stromy. Poznámka: to funguje pouze u relativně malého počtu reticulations (určené volbou-r). Naleznete v souboru Readme pro více informací.

Poznámka: Soubory lze stáhnout pomocí tlačítka “Uložit odkaz / cíl jako …” Po stažení software, může být nutné změnit oprávnění přístupu k souborům (např. chmod u + x pirn). Zdrojový kód je k dispozici na vyžádání.

Aktuální verze: v. 2.0.1. Zdrojový kód je k dispozici (viz níže)

  •     pirn-linux-V201-64, spustitelný zkompilovaný pod Linux 64 bitů.
  •     pirn-linux-V201-32, spustitelný sestaven na základě bitů Linux 32.
  •     pirn-mac-V201, spustitelný zkompilovaný pod Mac.
  •     pirn-win-v201.exe spustitelný zkompilovaný pod Windows Vista (možná budete chtít nainstalovat cygwin spustit kód).
  •     README-v201.txt
  •     example-trees.txt, velmi jednoduchý příklad vstup obsahující několik stromů, jeden na řádek.

Chcete-li vytvořit ze zdrojového kódu, podívejte se na tento odkaz.

 

Comments are closed